La reforma constitucional en materia de justicia penal y seguridad pública de junio de 2008 sentó las bases para el establecimiento del nuevo sistema de justicia penal acusatorio. La principal característica del modelo acusatorio es la separación de funciones, es decir que la función de acusar y juzgar queda separadas entre sí y es responsabilidad de distintas instituciones. El nuevo sistema tiene como objeto el esclarecimiento de los hechos, proteger al inocente, procurar que no exista impunidad respecto a la culpabilidad y de manera relevante que los daños generados por el delito se reparen. Pero algo también importante a destacar es la función que tendrá la comisión de los derechos humanos y la importancia que tienen en todo procedimiento del nuevo sistema, ya que si no se lleva acabo de manera correcta se pueden caer a pedazos carpetas de investigación y hasta dejar libres a presuntos delincuentes pese y a que el delito del que se les acuse esté debidamente comprobado.
La aplicación del Nuevo Sistema de Justicia Penal trae consigo retos importantes que requieren necesariamente enfrentarse con una adecuada preparación profesional que permita fortalecer los vínculos existentes entre los organismos públicos de Derechos Humanos y la sociedad en general, además de beneficiar en mayor medida la legitimación del trabajo que se realiza en pro de las personas que más lo necesitan, con el objetivo de evitar las posibles violaciones a los derechos humanos que pudieran presentarse en cualquier etapa del proceso penal. Hay que hacer de los derechos humanos el pilar de toda sociedad, ese creo es el reto mayor, porque implica que en todo momento se respete y fortalezca la legalidad y las relaciones interinstitucionales que sin duda deben prevalecer.
